Su mayor logro en el fútbol profesional de Ecuador es el campeonato nacional del año 2004 y los subcampeonatos en 1975-76, 2005, 2007 y 2009, además fue tercero en el 2008, gracias a esos logros registra sus siete participaciones en la Copa Libertadores América. Una presencia en la desaparecida Copa Conmebol
En la Serie B, ganó dos torneos, en 1972 Segunda Etapa y 1995, fue segundo en 1980 Segunda Etapa y el 2001.
Angel Luis Liciardi, el segundo mejor goleador de la historia de los campeonatos nacionales. El “Tano” en 1975 marcó 36 goles. Liciardi marcó en el Cuenca un total de 180 goles en cinco años que jugó para el Club.
Los rivales del Cuenca en Copa Libertadores de América han sido, Bolívar y Guabirá de Bolivia. Corinthians, Goiás e Internacional de Brasil. Sporting Cristal del Perú. Nacional y Danubio de Uruguay. Boca Juniors, Lanús, Banfield y Estudiantes de la Plata de Argentina. Pachuca y Morelia de México y Guaraní de Paraguay.Deportivo Anzoátegui, Deportivo Táchira y Caracas de Venezuela.
Sin duda que los triunfos más importantes fueron ante Boca Juniors por 1 a 0 con gol de Edison Preciado y Estudiantes de la Plata con gol de Mauricio Ferradas. Igualmente cabe señalar que el Cuenca es el único equipo ecuatoriano que ha ganado a un equipo mexicano, al Morelia.
El Deportivo Cuenca ganó a Boca Junior con la siguiente formación: Israel Álvarez; William España, Norberto Orrego, Javier Chila, Juan Guerrón, Giancarlo Ramos (m.75, John García), José Granda, Hólger Matamoros (m.80, Mauricio Hurtado), Juan Paredes (m.67, Edison Preciado), Rodrigo Teixeira e Ismael Villalba. Entrenador: Guillermo Duró.
Boca Juniors: Roberto Abbondanzieri; Hugo Ibarra, Facundo Roncaglia, Ezequiel Muñoz, Claudio Morel Rodríguez, Juan Krupoviesa, Fabián Vargas (m.80, Daniel Noir), Sebastián Battaglia, Nicolás Gaitán (m.73, Damián Díaz), Martín Palermo y Pablo Mouche (m.68, Rodrigo Palacio). Entrenador: Carlos Ischia.
El equipo que venció a Estudiantes fue el siguiente: J. Klimowicz, M. Moreno, A. Ayoví, M. Fleitas, M. Bohórquez, L. Soledispa, F. Barrionuevo, J. García, G. Castillo, M. Ferradas, J. Toledo. DT: Gabriel Perrone.
Estudiantes: M. Andújar, A. Alayes, C. Angeleri, L. Desábato, I. Moreno, R. Braña, J. S. Verón, L. Benítez, J. M. Salgueiro, E. Maggiolo, P. Piatti. DT: Roberto Sensini.
El primer director técnico fue el argentino Carlos Alberto Raffo, los primeros futbolistas extranjeros contratados fueron el argentino Rodolfo Piazza, el paraguayo Luis Martínez, el uruguayo Rigoberto “tronco” Moreno, el uruguayo Obdulio Aguirre y el paraguayo Gerardo Laterza. Ese año llegaron también Enrico Fogli (argentino) y Beto Ribeiro MaceiroBrasileño) no trascendieron.
En el 2004 consigue su único campeonato nacional, y además se consagra subcampeón en los años 2005, 2007 y 2009; y es tercero en el 2008 y 2009.
En la Copa Conmebol tuvo una sola participación siendo eliminado en tiros penales por el Sport Boys del Perú en el estadio del Callao.
Tiene solo una victoria en el extranjero contra el Guabirá boliviano en 1976.
ANGEL LUIS LICIARDI PASCUALI
Angel Liciardi, nacido en Amstrong, provincia de Rosario-Argentina, es el mejor jugador que ha tenido el equipo cuencano. Su histórica marca de 36 goles marcados en el Campeonato Ecuatoriano de 1975, y sus 180 tantos marcados en partidos oficiales y amistosos lo han convertido en el jugador más popular del Deportivo Cuenca de todos los tiempos.
Liciardi llegó a Deportivo Cuenca en 1972. En el primer año, el "Tano convirtió 24 tantos. En el 73 quedó marginado, porque el equipo llenó el cupo de extranjeros. Cuando Barcelona quiso contratarlo, le entregaron las divisiones inferiores del Cuenca y se solicitó su nacionalización; conseguida en siete meses. Ya como ecuatoriano volvió a ratificar su clase en 1974 anotando 19 goles.
En 1975 y 1976 marcó 36 y 35 goles respectivamente. Además, fue parte de la selección ecuatoriana, jugando un total de 13 partidos y anotando siete goles.
En su último año en el equipo cuencano en 1977marcó en 11 ocasiones. Un año después, en se fue al Barcelona club en el que se despidió del fútbol luego de marcar 15 goles sin terminar la temporada.
Mario Tenorio en 1979
Carlos "el ventarrón" Quiñónez
Un echo histórico del D. Cuenca fue aquel gol marcado por el arquero Damián Lanza marcó un gol desde su arco sobre el de Liga de Quito cuyo portero era Jacinto Espinoza. Partido en La Casa Blanca en el que además, el arquero lanza sobre el final tapó u n tiro penal y el Cuenca ganó el compromiso.