En la sub 12, el Cuenca se ubica en el cuarto puesto, sin embargo, posee una de las mejores delanteras del torneo junto con Deportivo Quevedo y Deportivo Azogues, líderes en la tabla de posiciones. En la sub 14, el Expreso Austral marcha sexto. En esta categoría, Grecia de Chone es el amplio dominador.
Copa Verano
Deportivo Cuenca también participó en la sexta edición del campeonato de fútbol infanto – juvenil, Copa Verano 2013, que organizó el Centro de Entrenamiento Personalizado, a cargo del profesor Angel Pesántez. Las finales se jugaron en el cantón Guachapala.
Deportivo Cuenca A logró cinco títulos. En la sub 9 y sub 11 venció al Cuenca B por 1-0 y 2-0, en su orden; en la sub 13 y sub 14 se impuso por 1-0 a la Academia JC; y en la sub 15, alcanzó el primer lugar al derrotar 2-0 a SD El Cuartel. Deportivo Cuenca B sumó dos campeonatos. En la sub 6, por penales, venció 5-3 a SD El Cuartel, mientras que en la sub 10 ganó 2-0 al Cuenca A.
En otras categorías, SD El Cuartel se proclamó campeón en la sub 8 al derrotar por 2-1 al Cuenca A; con idéntico marcador, Estudiantes coronó en la sub 16 frente a Tecni Club y los Salesianos en la sub 18 frente a Liga de Cuenca.