Las constantes lesiones privaron a Morante de tener participaciones con Universidad de Chile y apenas jugó dos partidos. Las expectativas por parte del equipo del sur del continente eran grandes puesto que el zaguero fue incluso convocado a algunos encuentros de la selección de Ecuador en las eliminatorias rumbo a Brasil 2014.
En 2013, Eduardo Morante militó en Liga de Quito pero su rendimiento no fue el más esperado. Finalmente, para esta temporada el jugador de 27 años vistió con la camiseta del 'Expreso del Austral' en donde jugó en 13 cotejos pero dio un paso al costado al manifestar que su problema era netamente económico.
Para 2015, se espera que el zaguero ecuatoriano retorne a Universidad de Chile y ponerse a las órdenes del plantel araucano.